上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。

岁月流逝，人生周转，见惯了爱人们的喜怒哀乐，不觉便看淡了婚礼上的信誓旦旦。失去的终将失去，一切都随风而逝，不触动一丝涟漪。