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时间来到最终决战的两年后，在本应已迎来和平的地球上，怪兽们再度倾巢而出。

3000万年前，黑暗使世界陷入恐惧。最终光之巨人将黑暗封印到了遥远的宇宙中。光之巨人也用尽了全力，在红色的星球上陷入长眠。时光流转，在地球和平同盟TPU紧急组建精英小组“GUTS-SELECT”时，主人公真中剑悟正在刚刚开拓的火星上作为植物学家安稳地生活着。但是有一天，超古代封印的黑暗突然再次来袭，