故事发生在夏亚引领吉翁公国军赢得一年战争的平行宇宙。这一历史转折点导致地球联邦与吉翁公国的势力格局剧变。在空中宇宙殖民卫星生活的女高中生天手让叶，与难民少女尼娅安相遇后被卷入非法MS决斗竞技“军团战”，她驾驶着神秘最新型MS“GQuuuuuuX（吉夸克斯）”投身其中，而被通缉的神秘MS“高达”驾驶员

故事发生在夏亚引领吉翁公国军赢得一年战争的平行宇宙。这一历史转折点导致地球联邦与吉翁公国的势力格局剧变。在空中宇宙殖民卫星生活的女高中生天手让叶，与难民少女尼娅安相遇后被卷入非法MS决斗竞技“军团战”，她驾驶着神秘最新型MS“GQuuuuuuX（吉夸克斯）”投身其中，而被通缉的神秘MS“高达”驾驶员

未来世界，入侵太阳系的宇宙怪兽军团没有结束。

OVA完結後の、2006年10月1日に東京・秋葉原のアキバ3Dシアター他で前作とカップリング上映された。1作目ははオリジナルキャストで5.1chサラウンド新録音したサウンドリプライズ版、2作目は新作カットを含めた再編集版。

青井和哉（市来光弘 配音）是一个善良平凡的少年，姐姐青井和叶（能登麻美子 配音）的死却永远的改变了他将来的道路。袭击和叶的，是一种名叫“NOVA”的异次元体，为了替姐姐报仇，和哉进入了培养与异次元体战斗的战士的专门学校——杰尼提克斯学院。

《零度战姬》第二季（又名：零度战姬振动）故事围绕在和袭击人类的异次元体NOVA的战斗中失去了姐姐青井和叶的少年和哉。青井和叶是传奇中的潘多拉（能与NOVA作战的少女），和哉为了继承姐姐的遗志，进入了潘多拉的专门学校「杰尼提克斯」，并成为了「禁止接触女王」莎堤莱萨·艾尔·布丽姬的制御者，从此他的生活便

侵略者ムゲ・ゾルバドス軍の攻撃により、地球は壊滅的な打撃を受けた。だが、ロス・イゴール長官と葉月博士が密かにイーグルファイターら4体の「獣戦機」を完成、藤原忍ら4人を召集し「獣戦機隊」を編成。これに対抗する。

1937年，抗日战争爆发。南京守城军官的石永凯在南京保卫战中结识了中国共产党地下党员袁玉婷、大学教授周永民、国军士兵许秀岚、帮派首领林万龙、民间手艺人陈熹年、爱国富商彭松祥等人，他们团结一致，成功保护大部分幸存的南京市民和朝天宫国宝。

14年前，初号机疑似神化第一形态的觉醒带来近三冲击，使世界发生前所未有的巨变。在此之后，葛城美里（三石琴乃 配音）等NERV旧部出走，成立了反抗seele和NERV的Wille。Wille授命明日香（宫村优子 配音）和真里（坂本真绫 配音）夺回被封印在卫星轨道上的初号机和碇真嗣（绪方惠美 配音），但

从鬼的尸体中诞生的少年，手持名为“鬼切丸”的日本刀。渴望成为人类的少年深信斩尽所有魔鬼后自己就会变成真正的人类，但由人类的悲、憎、怨等负面感情衍生的魔鬼岂能斩尽杀绝？追踪着世间漂浮的鬼气，少年继续着与魔无止境的战斗。