大明万历年间，江南某地治安混乱、匪患猖獗。当地盗贼首领“苏先生”被当地官府追查多年，却未发现丝毫线索，行踪神秘。新任知府左宗元为给在京城任御史的岳父庆贺生辰，委托威武镖局总镖头马一刀押送价值连城的紫玉观音去往京城。

世代研究医术的神木族少年木星尘，救下误闯领地的医药世家之女叶云裳，为逃避皇族内斗而随她一起来到民国乱世，却遇上罕见瘟疫，木星尘凭借青囊术拯救了众生和本族，经历各类诱惑与爱情的考验，最终成为一代医尊，最后他放弃王位，和爱人叶云裳云游人间，济世众生。

书生王贤第一次赶考时，被吏部的吴侍郎索要3000两“孝敬银”，王贤因家贫交不起而被抹去功名。三年后再考，途中被贼人所劫，后被当做凶手抓进牢房，最终顺利得中头名状元，被委任阳翟县令。王贤断案中牵扯出三年前的那桩血案，原来他三年前埋葬的女尸，就是遇害者胡媚娘。